Детектив Конан: На перекрёстках древней столицы

Маскированный самурай совершает серию убийств в разных городах Японии: три человека погибают в Токио, один в Осаке и один в Киото. Полиция устанавливает, что все жертвы были членами преступной группы Гэндзиботару, специализировавшейся на краже буддийских статуй и артефактов. Члены группы использовали имена слуг Минамото-но Ёсицунэ. Мотивы убийцы и личности остальных участников банды остаются невыясненными, и расследование заходит в тупик.

В киотский храм поступает анонимное письмо с загадочной головоломкой. Монахи обращаются за помощью к Когоро Мори, известному детективу, чтобы расшифровать послание и найти давно утерянную статую. Синъити Кудо в облике Конана Эдогавы и старшеклассник-детектив Хэйдзи Хаттори объединяются для разгадки шифра и поиска убийцы. Хаттори также ищет свою возлюбленную из детства. Используя знание Хаттори Киото, они исследуют город и постепенно раскрывают правду. Убийца продолжает действовать: убивает ещё одного члена банды, несколько раз пытается убить Хаттори и похищает его возлюбленную. Конану и Хаттори приходится совместно анализировать улики, чтобы остановить убийцу и спасти девушку.